遺址坐北朝南,北高南低,原為黃普院,由金章宗完顏璟創建,為其狩獵行宮,后廢。明正統二年(1437)賜額妙覺禪寺,明弘治十四年(1510)改稱明照洞瑞云庵。據碑文證實,妙覺禪寺因瑞云庵“坍塌舊基”而遷至南50米處,北部“明照洞瑞云庵”存門樓,金剛石塔,山洞,山洞房基。門樓為花崗巖雕刻。
庵內金剛石塔位于山門東側,高15米的巨石巖頂,始建于明代。塔高約2.5米,為六角七層密檐式磚塔,塔基各角雕飾著一頭兇悍環角牛狀的飾物,據碑文記載,此塔為妙覺禪寺第一代主持尹奉的壽塔,其尸骨埋于塔下。
1999年被公布為海淀區文物保護單位。