黃旗街道辦事處原名黃旗屯街道辦事處。
在前中華民國、日偽政府和國民黨統治時期，屬永吉縣第二區。
1942年后隸屬吉林市白山區至誠町會。
1945年隸屬吉林市白山分區黃旗屯系，為至誠聯保。
1948年3月9日吉林市解放后該地叫西團子村。
1950年改叫西團子山子村與西南窯村合并改為黃旗屯街道，并設立辦事處。
1956年農業合作化時，由菜民和農民組織起來，改為高級社。
在1958年大辦人民公社時，臨江門以西地區成立東風人民公社，黃旗屯街道歸新成立的東風管理區。
1958年末，由于體制改革，東風管理區解散，成立吉興管理區。
1959年劃歸白山公社管理。
1963年歸吉林市船營區改名為黃旗屯街道辦事處。
1966年又改名為長春路街道辦事處。
1979年4月1日由長春路街道辦事處分出后，又叫黃旗屯街道辦事處。
2005年經船營區政府批準改稱黃旗街道辦事處，沿用至今。