清朝末年，為三水區，轄三標、水源兩個堡。
民國二年（1913年）冬，改三標堡為三標鄉；民國十九年（1930年），成立三標區蘇維埃政府；民國二十四年（1935年），復稱三標鄉。
中華人民共和國成立初期，稱第七區（含三標、水源、長安）；1950年冬，撤銷第七區，將原轄水源劃入澄江區轄，將三標、長安劃入城、關區轄；1951年，恢復三標區，復轄三標、水源、長安3鄉；1958年，成立三標公社，轄三標、長安；1965年11月，三標公社轉為國營三標綜合墾殖場；1970年，復為三標公社；1984年，成立三標鄉，劃出長安另立鄉；2000年1月，撤銷長安鄉，建制并入三標鄉。