漢高祖六年(前201)分九江郡置豫章郡，并設南昌縣為附郭縣，屬揚州，南昌之名始此。
新莽始建國元年（9）改豫章郡為九江郡。
東漢建武元年（25）復名豫章郡。
晉屬江州，為州治。
南北朝梁稱豫章王國；陳復為豫章郡。
隋開皇九年(589)罷郡置洪州，大業三年(607)復為豫章郡。
唐武德五年(622)復為洪州，貞觀初屬江南道，開元二十一年(733)屬江南西道，為道治；天寶元年(742)改洪州為豫章郡，至德元年(756)豫章郡更名章郡，乾元元年(758)再稱洪州。
五代南唐顯德六年(959)升洪州為南昌府，建南都；顯德八年(961)李璟遷都南昌。
宋開寶八年(975)復名洪州，太平興國六年（981）析南昌西北部地域增置新建縣，隸洪州，天禧四年(1020)屬江南西路，并為路治；隆興元年(1163)升洪州為隆興府。
元至元十四年(1277)改稱隆興路，屬江西等處行中書省，并為省治；至元二十一年(1284)改名龍興路。
明（元）至正二十二年(1362)改龍興路為洪都府，次年更名南昌府，屬江西等處承宣布政使司并為其治，清代基本沿用明制。
1912年廢府，南昌、新建2縣隸省。
1914年改稱豫章道。
1926年撤道，析南昌縣、新建縣之城與郊設立南昌市，為江西省省會。
1939年日軍侵占南昌，南昌市劃歸汪偽湖北省政府管轄。
1945年日本投降，南昌市復為江西省省會。
1949年6月7日成立南昌市人民政府。
1958年南昌、新建2個縣由南昌專區劃入。
1961年南昌、新建2個縣劃歸宜春專區。
1967年南昌、新建2個縣再次劃入。
1983年宜春地區安義縣，撫州地區進賢縣劃歸南昌市管轄。
2015年新建縣撤縣設區。
2019年12月23日撤銷灣里區，并入新建區；設立紅谷灘區，將東湖區沙井街道、衛東街道，新建區生米鎮劃歸紅谷灘區管轄。
市政府駐紅谷灘區。