中華人民共和國成立初,屬蓮花縣第一臨時區。
1950年屬一區為城鄉鎮,1951年易名為城廂鎮,1956年撤第一臨時區設蓮花鎮;1958年撤蓮花鎮建琴水人民公社;1961年改設琴水鎮;1968年撤鎮和花塘、升坊合并為花塘公社;1970年析花塘公社置琴水鎮;1977年撤鎮改為琴水公社;1982年從琴水公社劃出城區的西邊、西門、北門、南門四個大隊,恢復琴水鎮;1983年經省人民政府批準更名為琴亭鎮;2001年12月原花塘鄉、琴水鄉與琴亭鎮合并,成立現在的琴亭鎮。