清朝乾隆八年（1744），永新、安福兩縣共劃出三十二都，地置蓮花廳，治仍設于蓮花橋，稱吉安分防府，至咸豐二年（1852）改稱吉安撫民府蓮花廳。
1912年，全省廢13府，州所一律改縣治，改設為蓮花縣，縣治設琴亭鎮，轄4個區18個鄉，1914年，全省分4道，蓮花縣屬廬陵道，1926年，廢道，縣直隸省轄。
1928年7月，蓮花縣屬蘇維埃湘贛邊特區；1930年2月，屬贛西南特區；1930年10月，屬湘東南特區。
1932年，蓮花縣屬第十行政監察區；1935年4月24日，蓮花縣屬第三行政督察區。
1949年8月14日，隸屬吉安專區。
1949年8月，全縣劃分為6個臨時行政區，不久改為5個區。
1950年5月，共轄6個行政區；1952年6月，全縣劃分為7個區。
1956年3月，撤區并鄉，全縣共設20個鄉鎮。
1968年，吉安地區改稱井岡山地區，屬井岡山地區。
1959年1月政社合一，將20個鄉鎮撤并調整為9個人民公社。
1959年4月，原9個人民公社劃分為15個人民公社。
1960年6月，15個人民公社合并為5個人民公社。
1960年11月，5個人民公社劃分為15個人民公社。
1961年4月，轄6個區20個人民公社。
1961年6月，全縣劃分8個管轄區1個鎮，下轄47個人民公社。
1963年10月，撤區并社，全縣劃分為18個人民公社。
1968年10月，全縣劃分為10個人民公社。
1976年10月，全縣劃分為16個人民公社。
1979年井岡山地區改稱為吉安地區，蓮花縣屬吉安地區。
1984年3月，設寒山鄉，共轄18個鄉（鎮）。
1992年劃歸萍鄉市管轄。
1999年3月，共轄12個鄉6個鎮。
2001年8月，共轄9個鄉，6個鎮。
2005年3月，共轄8個鄉5個鎮，5個居民委員會，157個村民委員會。