元皇慶元年（1312），改吉州路總管府為吉安路，吉安市境域分屬吉安路和臨江路。
元至正二十二年（1362），改吉安路為吉安府，臨江路為臨江府。
吉安市境仍大部屬吉安府，局部（新淦縣）屬臨江府。
明洪武九年（1376），改江西行中書省為江西承宣布政使司，下設“道”，吉安府屬分巡兼分守湖西道。
嘉靖五年（1526），析新淦地置峽江縣，與新淦同屬臨江府。
清康熙二十一年（1682），廢湖西道，吉安府隸江西承宣布政使司。
雍正九年（1731），吉安府隸分巡吉南贛道。
其中新淦、峽江縣仍屬臨江府。
1912年，廢府，吉安市境內各縣廳直屬省轄。
1914年，設道，境內所有縣皆屬廬陵道。
1926年，廢道，縣直屬省。
1928年5月，正式成立吉安市政府，直屬省。
1949年7月，境內大多數縣屬吉安分區，只有新淦屬南昌分區。
1952年9月，新淦縣改屬吉安分區。
1955年，改為吉安專區。
1968年，改為井岡山專區。
1971年，改為井岡山地區。
1979年，改為吉安地區。
1992年6月，蓮花縣劃歸萍鄉市。
2000年5月，撤銷吉安地區和縣級吉安市，設立地級吉安市，原縣級吉安市分設吉州區和青原區。
同時，將寧岡縣與井岡山市合并，組建新的縣級井岡山市，直隸省，吉安市代管。
2014年，吉安市轄2區10縣，代管1縣級市，市政府駐吉州區。