巴山鎮現址為縣署所在地始于唐代廣德二年（764），當時以崇仁河為界，橋南為民城（又分為東耆、西耆），橋北為官城（又名北耆），縣署設在官城；明代中葉筑南、北兩城城垣；清代設里制，分東耆、西耆、北耆三里；民國前期沿襲清制，1931年推保甲制，設區署，巴山鎮為第一區；1940年撤區設鎮，分為橋北、橋南兩鎮，1944年兩鎮合并為巴山鎮；1949年前屬縣一區，仍分官城、民城；1949年7月改名城關鎮，1952年改城關鎮為城關區；1953年復為巴山鎮；1958年10月成立城關人民公社，轄中大、文溪、西路、橋北四個居民管理區，寶水、巴山、石莊、樂豐、橋北、永勝、和平、羅枧、寶塔、文溪、小港11個大隊；1961年改稱巴山鎮人民公社，1966年8月更名為紅旗鎮人民公社，1980年12月復名巴山鎮人民公社；1984年6月撤社建鄉，仍設巴山鎮；2001年10月，撤原沙堤鄉、郊西鄉并入巴山鎮；2010年7月，原永勝機械廠、江西第一木材廠社區并入巴山鎮，得名后沿用至今。