北宋始設(shè)建制鎮(zhèn)，明為吳縣六鎮(zhèn)之一。
1912年，今境分屬吳縣木瀆市、善人橋鄉(xiāng)。
1929年，分屬吳縣第二區(qū)、第三區(qū)。
1932年，分屬吳縣第二區(qū)、第二十區(qū)。
1934年，復(fù)分屬吳縣第二區(qū)、第三區(qū)。
1947年，屬吳縣吳西區(qū)。
1949年5月，屬吳縣木瀆區(qū)。
1952年11月，木瀆升為吳縣直屬鎮(zhèn)。
1954年9月，劃屬蘇州市郊區(qū)。
1958年8月，復(fù)歸吳縣。
1985年8月，金山鄉(xiāng)并入木瀆鎮(zhèn)。
1995年7月，屬吳縣市。
2001年2月，屬蘇州市吳中區(qū)。
2007年4月，胥口鎮(zhèn)善人橋社區(qū)居委會和藏東、藏中、藏北、藏西4個村劃歸木瀆鎮(zhèn)。