清朝，屬益陽縣二里。
民國二十七年（1938年），屬益陽縣武潭鄉。
民國三十五年（1946年）至1950年，屬益陽縣九崗鄉。
1951年9月，設立馬跡塘鎮，現馬跡塘鎮分屬桃江縣馬跡塘鎮及毛家村鄉、九崗山等鄉，屬桃江縣第七區。
1953年，屬桃江縣馬跡塘區。
1956年5月，分屬馬跡塘鎮及馬跡塘鄉。
1958年，實行人民公社化，馬跡塘鄉撤銷。
1959年1月，成立馬跡塘人民公社，有18個大隊。
1984年，撤銷馬跡塘公社，建立馬跡塘鄉。
1986年，馬跡塘鄉并入馬跡塘鎮。
1995年，龍溪鄉、毛家村鄉、筑金壩鄉并入馬跡塘鎮。
2005年，泗里河鄉并入馬跡塘鎮。