南縣地處湘鄂兩省邊陲，洞庭湖區腹地，介于東經112°10′53″—112°49′06″，北緯29°03′03″—29°31′37″之間，東西跨62.78公里，南北跨52.73公里，版土面積1075平方公里。
南縣北與湖北省石首、公安、松滋相連，西接常德市的安鄉、漢壽兩縣，東臨岳陽市的華容縣，南與益陽市的沅江市隔河相望，東南與大通湖、北洲子、金盆、南灣湖、千山紅等幾大農(漁)場連成一片，為湖南省36個邊境縣之一。
縣城南洲鎮東距沿長江開放城市岳陽100公里，南離省會長沙200公里，北到長江黃金水道30公里。
南縣地處長江中下游，系洞庭湖新淤之地。地勢自西向東南微傾，平均海拔28.8米，高差不足10米，除明山、寄山兩處山崗外，一馬平川，屬于典型的平原地形。境內土地肥沃，5條自然江河流貫其中，域內河渠縱橫，湖塘密布，水域面積占總面積的三分之一以上，有“洞庭明珠”之譽。