據《光緒湖北與地記》卷18載：清光緒二十年（1894）鐘祥縣設5鎮，4汎，5鄉，客店屬于東北鄉。
1936年10月，縣設5區，50鄉（鎮），現客店轄區含為芹平鄉，屬第一區，長吉鄉屬第五區。
1941年實行新縣制，廢區。
全縣設31鄉（鎮），芹平鄉和長吉鄉合并為長吉鄉。
1946年長吉鄉更名為臨九鄉。
1947年12月，鐘祥城北地區解放，成立鐘北縣愛國民生政府。
現客店鎮區域含兩個地區；1948年4月，周集區轄表臺，劉河，周集三個鄉；客店坡轄公議，草店，客店，大河，嶺臺，民主六個鄉。
1948年6月鐘北縣撤銷并入洪山縣。
1949年7月，鐘祥，京山縣成立人民政府，周集，客店坡劃歸鐘祥，所轄九個鄉名未變。
1951年1月，客店坡更名為鐘祥市第十鎮。
1956年二月，第十鎮改名為農場工業指導組，1957年12月，指導組撤銷，社客店鎮；1958年9月人民公社化，客店鎮改名為客店人民公社，下設三個鄉改為三個管理組。
1961年恢復鎮制，客店人民公社復名為客店區，下轄三個管理組改設為三個人民公社，1975年11月25日撤區并社，客店區改為客店人民公社，1984年撤銷人民公社，設立客店區，1987年撤區建鄉，客店區改名為客店鄉，1992年3月更名為客店鎮。