船兒島社區的前身為建始縣城區的一部分，包括老城區的東南街、西街和團結路、船兒島路、建設路南段以及學苑路等地。
北宋初年，古業州改縣，將縣城從今三里鄉槐坦的棉花壩遷至現址，逐步形成了一條街，名縣前街，即現在的東街和西街。
明代縣城向東西南北四個方向發展，并修筑城墻，南街形成，新馬路始建于民國時期，其余部分大多形成于新中國成立以后。
1959年建始大橋至大禮堂公路建成以后，到1980年形成了茨河以東的街道；1980年到1995年形成了從茨河到廣潤路的各條街道，船兒島社區基本形成。
該地古屬巴子國地；明正德七年（1512），隸屬建始縣市廓里；清康熙二十年（1681）隸屬建始縣坊廓里；乾隆元年（1736）建始縣由四川夔州府撥入湖北施南府，隸屬建始縣坊廓里；道光年間（1821-1850）隸屬建始縣坊廓里；同治六年（1868），隸屬建始縣西鄉。
民國七年（1918），隸屬湖北荊南道建始縣“仁”字區；民國十九年（1930），隸屬建始縣第一區；民國二十四年（1935），隸屬建始縣城集鎮；民國三十年（1941），隸屬建始縣中山鄉；民國三十八年（1949），隸屬城鄉區中山鄉。
1949年11月建始解放后，屬城鄉區；1950年10月屬建始縣城關鎮，名為東南街、西街；1958年9月，屬建始縣朝陽人民公社；1961年，屬建始縣城關鎮，名為一、二街；1967年，屬建始縣城關鎮，名為東方紅、紅旗街；1979年屬建始縣城關鎮，名為東南街、西街；2003年撤并調整鄉鎮行政區劃后，屬業州鎮，名為船兒島社區至今。