民國初年屬由義區新店村。
民國二十五年屬4區峪南鄉。
民國三十三年屬新店鄉。
建國前夕屬石花區。
1949年隸屬第二區（石花區）管轄。
1951年6月，屬石花區水星鄉。
1956年成立高級社時，取名星星社，屬縣轄新店鄉。
1958年人民公社化時期更名為星星大隊，屬幸福之家（石花）人民公社新店管理區。
1961年恢復區制，屬石花區新店公社。
1975年撤區并社，屬石花公社新店管理區。
1981年更名為水星臺大隊，屬大峪橋公社新店管理區。
1984年更名為水星臺村，屬大峪橋鎮新店鄉。
1995年，屬大峪橋鎮。
2001年大峪橋鎮被撤銷，其所轄行政管理區劃歸石花鎮，水星臺村由石花鎮管轄至今。