晚清時期，設木瓜河聯保，隸屬南鄉沿觀堰三海團。
民國時期設木瓜河鄉，隸屬杜家川區。
1952年建立新政權，設木瓜鄉，隸屬橋上區。
1958年人民公社化運動，設木瓜管理區。
1961年改為公社，成立木瓜農業生產大隊，隸屬橋上公社。
1975年撤區并社，將木瓜、銀坪、東蒿、西蒿、杜川五個公社合并為橋上公社。
1984年取銷人民公社化體制，設區建鄉，成立木瓜村村民委員會，隸屬橋上區木瓜鄉（1987年改橋上鄉木瓜管理區）。
2002年撤銷管理區，所轄村合并為木瓜村村民委員會。
2010年橋上鄉改名野人谷鎮，隸屬野人谷鎮所轄。