清康熙年間，胡、李、江、羅、楊、程、張、劉、賀、唐、曾、樊、甘、陳、黃、王、鄒、鄭、許、杜、譚、何等姓因自然災害相繼從湖北荊州石首、公安、湖南桑植、澧縣等地遷居于此，落業筑居，繁衍生息。
清屬湖北省施南府崇寧里八甲。
民國初襲里甲制，民國十六年（1927年）屬恩施縣第二區三岔口聯保；民國二十年（1936年）屬第二東鄉區（新塘）三岔口鄉；民國二十九年（1940年）裁區建鄉，屬三岔鄉。
1950年屬龍鳳區三岔鄉，1953年屬三區（三岔）。
1958年屬東風人民公社三元管理區，下轄五一、五星、雄偉、新華4個生產大隊；（五一大隊轄4個生產小隊，五星大隊轄5個生產小隊，雄偉大隊轄4個生產小隊，新華大隊轄6個生產小隊）；還下轄九嶺大隊[（屬東風人民公社蓮花管理區）轄4個生產小隊]；1961年屬三岔公社三元管理區，下轄五一、五星、雄偉、新華4個生產大隊；（五一大隊轄4個生產小隊，五星大隊轄5個生產小隊，雄偉大隊轄4個生產小隊，新華大隊轄6個生產小隊）；還下轄九嶺大隊[（屬東風人民公社蓮花管理區）轄4個生產小隊]；1975年屬三岔公社三元管理區，下轄下轄五一、五星、雄偉、新華4個生產大隊；（五一大隊轄4個生產小隊，五星大隊轄5個生產小隊，雄偉大隊轄4個生產小隊，新華大隊轄6個生產小隊）；還下轄九嶺大隊[（屬東風人民公社蓮花管理區）轄4個生產小隊]；1981年屬三岔公社三元管理區，下轄五一、五星、雄偉、新華4個生產大隊；（五一大隊轄6個生產小隊，五星大隊轄5個生產小隊，雄偉大隊轄4個生產小隊，新華大隊轄6個生產小隊）；還下轄九嶺大隊[（屬東風人民公社蓮花管理區）轄4個生產小隊]；1984年屬三岔區三元壩鄉，下轄三元壩村（新華、五一合并）、設塘坪村（雄偉、五星合并）三元壩村下轄11個村民小組，設塘坪村下轄8個村民小組，九嶺崗村屬七里公社蓮花管理區，下轄5個村民小組，1997年屬三岔鄉三元管理區、下轄設塘坪村、三元壩村（設塘坪村轄8個村民小組，三元壩村轄11個村民小組），還下轄九嶺崗村，屬七里鄉茅壩管理區，下轄5個村民小組。
2002年由三元壩、設塘坪、九嶺崗村合并為三元壩村，屬恩施市三岔鄉，下轄三元壩組、石院墻組、設塘坪組、大堡山組、九嶺崗組。
2017年撤鄉設鎮，為三元壩村，屬三岔鎮，下轄三元壩組、石院墻組、設塘坪組、大堡山組、九嶺崗組。