清乾隆年間，有金、徐、敖、周、陳、吳六大姓因經商從外地來朱砂溪安家落業。
清朝晚期屬恩施縣市廓里五甲。
民國初襲里甲制，民國十六年（1927）屬恩施縣第三區朱砂聯保第十三保；民國二十五年（1936）屬第三南鄉區（芭蕉）朱砂溪鄉第十三保；民國二十九年（1940）撤區建鄉，屬朱砂溪鄉第十三保。
1950年屬芭蕉區朱砂鄉；1953年屬五區（芭蕉區）朱砂鄉。
1958年屬芭蕉人民公社硃砂管理區，下轄朱砂大隊（朱砂溪）、新華大隊（寒婆嶺）、勝利大隊（剩口河）；1961年屬芭蕉區紅巖公社，下轄朱砂大隊（朱砂溪）、新華大隊（寒婆嶺）、勝利大隊（剩口河）；1966年屬芭蕉區紅巖公社，下轄朱砂、新華、勝利、紅山4個大隊；1968年屬芭蕉區革命委員會紅巖公社革命委員會，下轄新民、新春、黎明、紅旗、新華、勝利6個生產大隊；1975年裁區并社，屬芭蕉公社瓦屋管理區，下轄新民、新春、黎明、紅旗、新華、勝利6個生產大隊；1981年屬芭蕉公社瓦屋管理區，下轄朱砂溪、寒婆嶺、剩口河、小紅巖、槽狹溝、仙人橋6個生產大隊。
1984年屬芭蕉區朱砂溪鄉，下轄朱砂溪村、寒婆嶺村、剩口河村、小紅巖村、槽狹溝村、仙人橋6個村。
1997年撤區建鄉，為高拱橋管理區，屬芭蕉鄉，下轄蘇家寨、青崗樹、高拱橋、浪壩、寒婆嶺、朱砂溪、勝口河7個村；2001年為朱砂溪辦事處，屬芭蕉侗族鄉，下轄朱砂溪、寒婆嶺、剩口河、小紅巖、槽狹溝5個村。
2002年撤管理區設大村，將朱砂溪、寒婆嶺、剩口河三個小村合并為朱砂溪村，下轄肖家坪、九拐子、小溪源、李家壩、東掛片、北坡、張家壩、龍家河、東流水、小龍神坳、泡桐樹、山岳洼12個村民小組。