清代西部屬唐縣長秋保(今長秋村),北部屬唐河保(今張店鎮馬店村),南部屬黃臺保(今黑龍鎮謝莊村委黃臺寺舊址)。
1914年屬沘源縣。
1923年屬唐河縣城關區。
1931年設上屯區。
1941年屬城關區上屯聯保。
1945年撤區建上屯鄉。
1948年屬唐南縣第七區。
1949年屬唐河縣郭灘區、昝崗區。
1956年撤區,分別屬上屯、長秋、黑龍鎮3個中心鄉。
1958年成立上屯公社。
1961年設上屯區。
1968年撤區重設上屯公社。
1983年改為上屯鄉。
1999年撤鄉上屯鎮至今。