明清，屬城東鎮。
1912年，屬鳳山鎮。
1949年，建立石門鄉，屬三屯區。
1956年，改為石門高級社，屬三屯鄉。
1960年，為龍王大隊。
1962年，建立石門大隊，屬三屯公社。
1963年，又合并為新建大隊，屬三屯公社。
1965年，再次分為石門大隊，屬三屯公社。
因與柏樹公社石門大隊重名，1982年2月經縣政府批準石門大隊更名為耿溝大隊，屬三屯公社。
1984年，改為耿溝村民委員會，屬三屯鄉。
2011年，屬三屯鎮。