清代屬汝陽縣黃崗鎮。
1913年屬汝南縣。
1935年屬八區王崗店。
1938年分屬三區高固店、王崗東店、王崗西店聯保和四區余家店聯保。
1949年屬九區余店鄉、秫桿鋪鄉、天堂鄉、徐廟鄉、大劉莊鄉。
1951年分屬九區天堂寺、余店鄉和二區郭店、韓坡、大陳莊、路莊、張崗鄉。
1956年屬余店中心鄉余店、韓坡、路莊鄉。
1957年設余店鄉。
1958年分屬東方、先鋒公社。
1959年分屬王崗、馬鄉公社。
1961年分屬王崗區余店公社和馬鄉區天堂公社。
1962年復屬王崗、馬鄉公社。
1975年成立余店公社。
1981年更名為南余店公社。
1983年改設南余店鄉。