清初開辟茂興至璦琿驛路后,為解決“茂興”至“古魯”兩站之間相距過遠之弊,清雍正五年(1727)于此增設烏蘭諾爾站,稱“新站”。
中華民國時期,郭爾羅斯后旗設新站鄉,隸屬第十二區管轄。
東北淪陷后,初設新站保,后改設新民村。
1945年“九三”抗日戰爭勝利后,設置新民區,1946年末改為新站區,1949年改為第七區。
1952年2月,設置新站鎮。
1956年4月,將郭爾羅斯后旗改為肇源縣,隸屬肇源縣管轄。
1958年9月,改稱新站人民公社。
1984年3月,改為新站鎮。