雅爾塞屯形成于清初。
境內的哈雅、奈門沁、音欽及哈拉屯均形成于清順治六年（1649）。
黑龍江設治后，隸屬齊齊哈爾副都統(tǒng)管轄。
清末，先后隸屬黑水廳、龍江府管轄。
中華民國時期，隸屬龍江縣管轄。
東北淪陷后期，隸屬達胡店村。
1945年“九三”抗日戰(zhàn)爭勝利后，1946年6月，今雅爾塞一帶分隸龍東縣和龍江縣管轄。
1948年3月，撤銷龍東縣后，統(tǒng)由龍江縣管轄。
所屬區(qū)域，于1948年和1954年分兩次由龍江縣劃歸齊齊哈爾市管轄。
1956年5月，并村劃鄉(xiāng)，設置雅爾塞達斡爾族鄉(xiāng)。
1958年12月，改稱雅爾塞農場。
1966年改為雅爾塞人民公社。
1984年1月，改為雅爾塞鄉(xiāng)。
同年11月，改設雅爾塞鎮(zhèn)。