原名“小城子”，因有渤海國時期古城墻遺址而得名。
清代晚期，始有墾民來此定居。
清光緒八年（1882），開辟寧古塔至三岔口驛路時，已經形成村落，隸屬寧古塔副都統管轄。
清光緒二十九年（1903）設置綏芬廳后，屬講禮社轄區。
清宣統元年（1909），改隸東寧廳管轄。
1917年隸屬東寧縣第三區。
1934年隸屬第三區北河沿保。
1939年6月，偽東寧縣公署從三岔口移駐小城子，遂改稱東寧街。
1945年，為東寧縣城區。
1948年10月，綏陽縣并人東寧縣，縣政府移至綏芬河，東寧街劃為第三區。
1952年縣政府遷回東寧街，改為第一區。
1956年5月，設置東寧鎮和北河沿鄉。
1958年9月，東寧鎮與北河沿鄉合并，成立東寧人民公社。
1984年，東寧人民公社改設東寧鎮。
2001年1月，南天門鄉并入東寧鎮。
名稱沿用至今。