因地處山區腹地，民國前無具體政區歸屬。
民國二十四年（1935年）3月8日前，稱水滿桐，隸屬定安縣。
民國二十四年（1935年）3月8日，白沙縣成立，劃歸白沙縣管轄，設水滿鄉。
1958年10月，紅毛鄉、毛棧鄉、水滿鄉3個鄉合并成立五指山公社。
1958年12月，白沙縣五指山公社劃歸瓊中縣管轄。
1961年5月，五指山公社分設毛陽公社、什運公社、五指山公社、紅毛公社。
1983年5月，五指山公社改稱五指山區公所。
1986年6月，五指山區公所劃歸通什市管轄。
1987年1月，改稱五指山鄉。
2001年7月5日，通什市更名為五指山市，五指山鄉更名為水滿鄉，隸屬五指山市。