新石器時代，瓊中黎族苗族自治縣境內已有人類活動。
秦朝，為象郡外徼。
兩漢，屬珠崖郡地。
三國時期，吳赤烏五年（242年），為朱盧縣地，屬朱崖郡。
晉代，太康元年（280年），為玳瑁縣地，屬合浦郡。
隋代，大業三年（607年），屬顏盧縣地，隸屬珠崖郡。
唐代，貞觀元年（627年），為瓊山縣地，屬嶺南道；貞觀五年（632年），改屬瓊州，部分境域屬萬安縣（今萬寧市）；顯慶五年（660年）置樂會縣，境域析屬樂會；咸通五年（864年），瓊山西南黎峒置忠州，遂為州地；咸通十二年（871年），忠州廢，仍循舊屬。
元代，至元二十八年（1291年），闊里吉思率兵討伐諸黎峒，割瓊山南境置定安縣，該縣境域分屬瓊山、定安、樂會3縣和萬安軍（明更名萬寧縣）；天歷二年（1329年），升定安縣為南建州，原屬定安境域改為州地。
明代，洪武二年（1369年），南建州廢，境屬循舊。
清代至民國初，循明制。
民國24年（1935年），白沙、保亭、樂安（后改為樂東）建縣，境域改屬瓊山、定安、白沙、保亭4縣，隸屬廣東省第九區行政督察專員公署；民國37年（1948年）3月，建瓊中縣，初屬瓊崖東區民主政府。
1949年3月，改屬瓊崖少數民族自治區。
1950年5月1日，海南全島解放；同年6月，撤銷該縣建制，境地分別劃入新民（今屯昌縣）、萬寧、保亭、白沙4縣。
1952年5月，復置瓊中縣，隸屬海南黎族苗族自治區（1955年10月，自治區更名自治州）。
1958年11月，撤州，屬海南行政區公署。
1961年11月，復置自治州，瓊中仍屬州。
1987年9月，再次撤州，改屬海南行政區；同年12月，該縣更名瓊中黎族苗族自治縣。
1988年，隸屬海南省。
2019年4月，瓊中黎族苗族自治縣成功退出貧困縣。