1950年7月成立孟溪鄉公所時，矮屯屬于鄉第六行政村管轄；1953年3月撤銷孟溪鄉公所，建立孟溪小鄉，組建矮屯村，隸屬關系未變；1959年9月，改稱矮屯生產大隊，歸屬孟溪管理區；1966年11月與干堡溝合并組成共和生產大隊；1976年末與干堡溝分治，仍稱矮屯生產大隊；1984年1月社改鄉，矮屯生產大隊為村；2007年12月矮屯村、干壩溝村、太平山村合并為矮屯村，2013年12月撤分村，分出矮屯村。
現屬孟溪鎮管轄。