1916年，屬西區許家壩管轄。
1921年8月，屬四區管轄，1950年2月1日，思南縣人民政府成立，屬五區管轄，1953年建“秦家寨初級社”，1956年5月11日，將文家店、合朋溪兩區合并為文家店區，屬文家店區管轄。
1957年建“秦家寨高級社”，1958年，為秦家寨大隊，屬文家店公社管轄。
1963年，秦家寨大隊屬合朋溪區的合朋公社管轄。
1984年撤隊設秦家寨村屬合朋溪區的合朋溪鄉管轄。
1992年2月，貴州省人民政府批準思南縣進行“建鎮并鄉撤區”工作，同年10月，撤銷合朋溪鄉、涼橋鄉、場坪鄉，合并建立合朋溪鎮，轄原三個鄉鎮的共14個行政村，秦家寨村屬合朋溪鎮管轄。
2007年4月，縣人民政府下達《關于撤小村并大村整合的批復》，合朋溪鎮鎮將原14個村合并為6個村，院子村未發生變化。
2010年11月16日，思南縣人民政府批準調整全縣行政區劃，合朋溪鎮鎮調整設置為32個行政村，1個社區，秦家寨村屬合朋溪鎮管轄。