2010年得名沿用至今。
1958年建高屯大隊，1985年更名為高屯行政村。
以小高屯和高王屯中位置而得名。
民國32年（1943年），石阡實行新縣制，廢除之前的的區級組織，設置鄉鎮保甲。
設立樂回乙級鄉。
1950年2月行政區劃調整，設立三個區18鄉鎮。
隸屬三區。
1950年7月，改置3區為6區1鎮。
隸屬六區。
1953年，設立本莊區高王鄉。
1958年，高王鄉改稱高王公社；高屯村改稱高屯大隊。
1984年，高王公社改稱高王鄉；高屯大隊改稱高屯村。
期間隸屬本莊區高王鄉（公社）1992年“撤并建”，由本莊區的高王鄉、河壩場鄉、永和鄉合并，設置河壩場鄉。
2003年全縣推進“撤小村并大村”工作，高屯村并入高王村。
2010年，經石阡縣人民政府石府復[2010]76號批準，全鄉再次對行政村進行調整，恢復高屯村。
1991年至2014年隸屬河壩場鄉。