解放后隸屬于第三區崇實鄉。
1953年，行政區劃由第三區崇實鄉改為第三區高棉鄉，1956年，行政區劃由第三區高棉鄉改為興中區高棉鄉。
1959年，實行人民公社化，棉花村改稱興中公社高棉管理區棉花大隊。
1962年，撤銷大公社，復置4個行政區，棉花村改稱興中區高棉公社棉花大隊。
1984年機構改革時，改稱棉花村。
1986年12月，棉花村隸屬于興中區高棉鄉。
1992年1月，棉花村的行政區劃由興中區高棉鄉改為高棉鄉。