清雍正以前，屬管外苗族地區。
清乾隆二年（1737年），境內設章漢、德阜2堡，白索1汛。
民國三十三年（1944年），設南哨鄉。
1950年，設南哨鄉。
1953年，設南哨鄉。
1957年，合作化設南哨片。
1958年，設南哨管理區屬太擁公社。
1961年，屬南哨公社。
1963年，以管理區設南哨公社。
1984年，改南哨公社為南哨鄉。
1992年，遠通、翁座、南哨3鄉合并為新的南哨鄉。
2016年1月，南哨鄉撤鄉設鎮。