唐代，今惠水縣境為黔中道莊州下屬清蘭縣轄地。
五代十國時期，后晉高祖天福五年（940），楚設置南寧州，治所在今離惠水縣城十五里臥龍。
元至元十六年（1279）在今縣境內置八個安撫司（方番、盧番、程番、洪番、臥龍番、小龍番、大龍番、石番），簡稱“八番”。
明洪武八年（1375），今惠水和長順的睦化、代化一帶分布著貴州衛下屬的程番、上馬橋、小程番、盧番、韋番、方番、洪番、臥龍番、小龍番、大龍番、羅番、金石番、盧山、木瓜、麻響、大華十六個長官司。
明成化十年（1474）置程番府于程番司處，府治在今惠水縣城內。
明隆慶二年（1568）程番府治遷貴陽，次年改稱貴陽府;有“先有程番府，后有貴陽府”之說明萬歷十四年（1586）置定番州，州治仍在今惠水縣城內。
1914年，定番州改稱定番縣，隸屬黔中道。
1920年，撤銷黔中道，定番縣直屬于省，1931年定番縣稱定番自治縣，1934年至1937年改稱定番自治實驗縣，1941年，定番縣改稱惠水縣。
1949年11月24日夜，惠水縣解放。
25日，成立惠水縣人民政府。
1952年，成立惠水彝族苗族自治區。
1954年改稱為惠水縣布依族苗族自治區；1955年惠水縣布依族苗族自治區改稱為惠水布依族苗族自治縣；1956年，惠水縣隸屬黔南布依族苗族自治州，12月，惠水布依族苗族自治縣改稱惠水縣。
1958年，惠水縣改屬貴陽市；1963年復隸黔南布依族苗族自治州至今。