1958年建立船山溝生產大隊，1961年9月，屬大興公社船山溝生產大隊。
1963年3月，屬合朋公社船山溝生產大隊。
1983年10月，我國實行政社分設；1984年，撤銷船山溝生產大隊，設立船山溝村民委員會，簡稱船山溝村委會，屬合朋鄉。
1992年10月，鋪子灣、合朋、龍溪鄉合置合興土家族鄉，2007年11月根據《德江縣人民政府關于復興土家族鄉并村行政區域變更的批復》（德府函〔2007〕117號），撤銷原船山溝村、清明村、合朋村，合并建立合朋村。
2010年11月根據《德江縣人民政府關于合興土家族鄉調整村（社區）行政區域的批復》（德府函〔2010〕110號），撤銷原合朋村，合朋村、清明村、船山溝村。
2012年撤鄉建鎮又改為合興鎮船山溝村至今。