明嘉靖七年（1528年），置岜馬土巡檢司治今鎮，隸田州，后廢。
清朝，今巴馬屬地分屬思恩、慶遠2府和白色直隸廳。
民國二十三年（1934年）冬，置萬岡縣，治定馬鄉巴馬圩，屬白色行政監督區，轄定馬、盤陽兩鄉。
民國二十九年（1940年）4月，改屬第十行政督察區。
民國三十一年（1942年）3月，改屬第五行政督察區。
1949年6月，改屬第十二行政督察區。
1949年12月1日，萬岡縣解放，治巴馬，屬百色專區。
1953年4月23日，萬岡縣撤銷，鎮域歸屬東蘭縣第九區。
1955年9月21日，設立巴馬瑤族自治縣，治巴馬街，屬桂西族自治區百色專區。
1956年3月2日，巴馬瑤族自治縣改屬桂西僮族自治州百色地區。
1958年，巴馬瑤族自治縣改屬百色專區，下轄9個公社，鎮域設紅旗公社。
1962年，鎮域屬城關公社。
1964年，巴馬瑤族自治縣下轄8個區、1個鎮、109個公社。
1965年5月18日，巴馬瑤族自治縣改屬河池專區。
1971年，改屬河池地區；次年7月，從城關公社劃出巴馬、巴發、巴廖、設長4個大隊建立巴馬鎮。
2002年，巴馬瑤族自治縣改隸河池市。