清乾隆年間，村民圍海造田，后來形成居民點，合成片村，取名百頃村。
清道光年間，聯成百頃大圍。
民國時期屬第四區，稱百頃鄉。
1951年改屬第九區，稱百頃鄉。
1955年屬睦洲區，稱百頃鄉。
1957年屬百大鄉。
1959年為百頃管理區上百頃一大隊。
1961年屬大鰲人民公社，稱百頃一大隊。
1965年稱百頃大隊。
1968年分出新一村，稱紅星大隊。
1982年復稱百頃大隊。
1984年稱百頃鄉。
1987年稱百頃村民委員會。
1988年改稱百頃管理區。
1999年改稱百頃村民委員會，沿用至今。