明洪武九年（1376年），南三鎮(zhèn)境域?qū)俑咧莞畢谴ǹh管轄，稱南三都。
清光緒二十五年（1899年），南三都被劃為法國租界地。
1949年，湛江解放，南三都屬吳川縣濱海區(qū)，改稱南三鄉(xiāng)。
1958年，成立南三公社。
1961年，南三公社改為南三區(qū)。
1963年，撤銷南三區(qū)，復(fù)名南三公社。
1983年，南三公社改稱南三區(qū)，屬湛江市郊區(qū)。
1984年，湛江市坡頭區(qū)正式成立，南三區(qū)劃歸坡頭區(qū)管轄。
1987年，南三區(qū)改為南三鎮(zhèn)。