仁居古稱“豪居”，秦漢時為揭陽縣地，晉時屬海陽縣，齊以后歸程鄉縣管轄。
明嘉靖四十一年（1562年）設置平遠縣時，始為縣治所在地，直至1952年。
清末民國初期，豪居改稱仁居。
民國三十二年（1943年），仁居屬平遠第一區。
下設13保。
1949年5月，平遠解放后，仁居為平遠縣第一區。
1952年6月，平遠、蕉嶺合縣，仁居屬蕉嶺縣第五區。
1954年3月，平遠、蕉嶺恢復縣建制，仁居被劃為平遠縣第一區。
1957年，撤銷區建制設立仁居鄉。
1958年9月，撤鄉成立“政社合一”的人民公社，原仁居鄉、差干鄉、鄒黃鄉合并成立仁居人民公社。
1961年1月，鄒坊、黃畬、差干從仁居公社分出，各自成立公社。
1963年3月，黃畬、鄒坊、仁居合并為仁居公社。
1978年3月，黃畬從仁居分出。
1983年11月，撤銷公社建制，設立仁居區公所。
1986年11月，撤區建鄉（鎮）時，設立仁居鎮。