1950～1952年，成立南水村農會。
1953年，蛇口建漁民小鄉，南水村歸漁民小鄉管轄。
1954年，成立互助組，26戶、80多人，并開始有大沖、沙河等外村女青年嫁入南水村。
1956年，實行農業合作化，由互助組聯合成立初級合作社。
1957年，成立高級社。
1959年1月，超英公社改稱南頭公社后，灣廈、水灣、南水合并成立灣廈大隊，原南水高級社改為灣廈大隊南水生產隊。
1970年7月，灣廈大隊劃歸蛇口公社管轄。
1977年5月，南水生產隊從灣廈大隊分出成立南水大隊。
1983年11月，南水大隊改稱南水村，隸屬蛇口辦事處。
1984年8月，蛇口辦事處改稱蛇口鎮，南水村屬蛇口鎮管轄。
1990年9月南山區成立后，蛇口鎮改稱蛇口街道，南水村屬蛇口街道管轄。
1992年6～11月，進行農村城市化改革，撤銷南水村，村行政管理部分成立南水居委會。
2001年，調整居委會轄區規模并更名為社區，南水居委會更名為南水社區居委會，名稱沿用至今。