1950~1952年,成立南水村農會。
1953年,蛇口建漁民小鄉,南水村歸漁民小鄉管轄。
1954年,成立互助組,26戶、80多人,并開始有大沖、沙河等外村女青年嫁入南水村。
1956年,實行農業合作化,由互助組聯合成立初級合作社。
1957年,成立高級社。
1959年1月,超英公社改稱南頭公社后,灣廈、水灣、南水合并成立灣廈大隊,原南水高級社改為灣廈大隊南水生產隊。
1970年7月,灣廈大隊劃歸蛇口公社管轄。
1977年5月,南水生產隊從灣廈大隊分出成立南水大隊。
1983年11月,南水大隊改稱南水村,隸屬蛇口辦事處。
1984年8月,蛇口辦事處改稱蛇口鎮,南水村屬蛇口鎮管轄。
1990年9月南山區成立后,蛇口鎮改稱蛇口街道,南水村屬蛇口街道管轄。
1992年6~11月,進行農村城市化改革,撤銷南水村,村行政管理部分成立南水居委會。
2001年,調整居委會轄區規模并更名為社區,南水居委會更名為南水社區居委會,名稱沿用至今。