南山村歷史悠久，元至正二十年（1360），伍氏先祖從臺山遷來建村。
清道光二十一年(1841)南山村屬新會縣潮連巡檢司龍溪鄉歸德都二圖轄村，清光緒三十三年(1907)改建南山鄉，1952年11月，南山鄉與麥園鄉和金溪鄉合并為南麥金鄉，從新會縣第二區劃為新會縣第四區轄，1956年南山并入麻園鄉。
1958年10月成立外海人民公社麻園管理區南山大隊。
1963年調整為外海人民公社南山大隊。
1977年9月易名為江門市外海人民公社南山大隊。
1983年稱南山鄉，1986年稱南山村委會，1988年改為南山管理區，1999年撤區建村，改建為南山村民委員會，沿用至今。