南宋時，屬古海鄉。
明、清代稱黃旗都。
民國元年（1912年）后，稱第九區。
1949年11月，成立中山縣第九區人民政府，駐大黃圃。
1950年4月，中山縣第九區分出三角、浪網、民眾組建第十區。
1953年3月，分設黃圃鎮，成為中山縣3個區級鎮之一。
1957年2月，從大黃圃分出南頭鄉。
1958年10月，小黃圃和高黎從大黃圃分出劃歸順德縣。
1966年8月，從黃圃公社分出阜沙鄉，成立阜沙公社。
1986年11月，撤區并鎮，原黃圃鎮與黃圃區合并為黃圃鎮。