宋代時南崗村稱永寧鄉。
秦氏先祖在唐代曾封永寧侯，后世卜居（“卜居”二字是從南崗始祖墓碑上得來的）在南崗建村，遂以為名，后改稱南崗。
在清康熙至光緒年間屬番禺鹿步司南崗堡。
民國20年（1931）為番禺縣五區南崗堡鄉所轄。
民國35年（1946），整編保甲，南崗村屬番禺縣五區南崗堡鄉。
1950年4月，番禺設8區1鎮時，南崗屬番禺五區南崗鄉所轄。
1953年4月，番禺行政區改為小區小鄉建制，南崗、蘿崗、黃陂3個小區19個小鄉劃為番禺七區。
南崗地區分6個小鄉。
1955年10月，番禺縣七區改稱番禺縣蘿崗區。
南崗鄉屬蘿崗區管轄。
1957年2月，番禺縣撤區并鄉，番禺蘿崗區分為蘿崗、南崗、黃陂3個大鄉，南崗大鄉設14個高級農業生產合作社。
1958年春，南崗大鄉劃入廣州市郊區管轄，南崗大鄉的14個高級農業生產合作社合并為五個大社，原南崗鄉改稱南崗社，各自然村隸屬南崗社管轄。
在農村人民公社化高潮中，南崗、蘿崗、黃陂3個大鄉合并為蘿崗人民公社，隸屬廣州市郊區管轄。
1960年4月，南崗生產大隊歸新成立的黃埔區南崗人民公社管轄。
1961年，南崗生產大隊分為西生產大隊和東生產大隊。
1962年8月，西生產大隊和東生產大隊又合并為南崗生產大隊，下設26個生產隊，歸廣州市郊區蘿崗人民公社管轄。
1975年7月，廣州市郊區蘿崗人民公社又劃分為蘿崗人民公社和南崗人民公社，蘿崗人民公社歸廣州市郊區管轄，南崗人民公社歸廣州市黃埔區管轄，南崗生產大隊劃歸黃埔區南崗人民公社管轄。
1984年，黃埔區南崗人民公社改稱南崗區公所，南崗生產大隊改稱為南崗鄉人民政府，歸黃埔區南崗區公所管轄。
1987年3月，南崗區公所改稱南崗鎮，下設7個村民委員會，南崗鄉人民政府改稱為南崗村民委員會。
至2002年8月1日，黃埔區撤鎮設街，南崗村民委員會撤銷，設立南崗社區居民委員會并沿用至今。