貝墩自秦朝趙佗在龍川建縣以來，隸屬龍川縣。
設縣治至和平始，貝墩為和平縣所轄，屬和平廣三圖。
清光緒三年（1877年），實行保安局、約制，縣城設總局，下設8個分局，貝墩是其一。
清光緒十五年（1889年）始建貝墩約場。
民國十七年（1928年）貝墩為第三區（名曰四約）。
民國二十年（1931年），奉令舉辦自治。
1949年共和國建立后，成立貝墩鄉人民政府。
1952年，聯彭寨、糧溪、古寨、安垇、優勝魚溪為第四區。
1958年，改為四聯人民公社。
1959年，四聯人民公社分出彭寨、貝墩1個人民公社。
1961年，貝墩人民公社分出貝墩、古寨、安坳3個人民公社。
1962年，設貝墩人民公社。
1983年，改名為貝墩區。
1987年，改為貝墩鎮。