該村由沙港大鄉分居此地，取名吉嶼村。
1950年屬六區沙港鄉。
1952年以長隴、吉嶼、圍內、下埔四個村設置長吉鄉，屬六區。
1953年屬赤坑區。
1956年并入沙港大鄉。
1958年撤區建人民公社時期，屬赤坑公社長吉大隊。
1984年政社分設時期，屬赤坑區長吉鄉。
1987年撤區建鄉鎮時改為赤坑鎮長吉村委會。
1989年改為長吉管理區辦事處。
1995年設置吉嶼管理區辦事處。
1998年改設為吉嶼村委會，一直沿用至今。