五代后晉天福三年（938），董氏遷移至此建村。
前屬海陽縣蘇灣都。
明成化十三年（1477）屬饒平縣。
明嘉靖四十二年（1563）屬澄海縣蘇灣都。
1921年廢都設區。
1932年稱董坑鄉，屬第五區（東隴）。
1946年唐隴、梅洲、董坑、仙門合稱水南鄉。
1949年屬蘇北區。
1951年屬溪南區水南鄉。
1953年梅洲、董坑合稱梅洲鄉。
1956年梅洲鄉、埭頭鄉、塘隴鄉合稱塘隴鄉。
1957年塘隴鄉、梅洲鄉、埭頭鄉、岱美鄉合稱水東鄉。
1958年成立澄海縣人民公社，屬第一支隊113團。
1959年設董坑生產大隊，屬溪南人民公社。
1984年1月設區建鄉，設董坑鄉，屬溪南區。
1986年11月撤區置鎮，設董坑村，屬溪南鎮。
1990年設董坑管理區。
1998年9月設董坑村，沿用至今。