清光緒元年（1875），外砂王姓和新溪謝姓到此創村定居。
其地屬南洋村竹林鄉，住民皆改李姓，其村也隸于竹林鄉。
歷史上南份曾兩次散鄉：一次是1922年“八二”風潮，屋倒人亡；一次是1943年遭受日軍血洗。
1950年獨立設村，與海后、北村和東灣合稱四聯鄉，屬蘇南區。
1951年屬海濱區。
1953年與海后、北村合稱海北鄉，屬二區。
1956年灣頭片合稱東灣鄉。
1957年東灣鄉改稱灣頭鄉。
1958年成立澄海縣人民公社，第一支隊，南份與南灣合稱101團。
1959年設南份生產大隊，屬蘇南人民公社。
1968年屬東方紅人民公社。
1972年屬灣頭人民公社。
1984年1月設區建鄉，南份、海后合設海后鄉，屬灣頭區。
1986年11月撤區置鎮，獨立設南份村，屬灣頭鎮。
1990年9月設南份管理區。
1999年6月設南份村。
2002年屬蓮下鎮，沿用至今。