清朝初年閩南等地漁民遷居于此，從事漁耕。
清康熙二十年（1681）漸成村。
原屬澄海縣蘇灣都。
1921年廢都設區。
1949年屬蘇北區。
1950年與石丁、大圍、明德、南砂合稱新聯鄉，屬三區。
1958年9月成立澄海縣人民公社，屬第一支隊117團。
1959年屬蘇北人民公社。
1961年屬東隴人民公社，時南洲、明德、大圍、石丁合稱南洲生產大隊。
1971年9月，南洲生產大隊調整為南洲、明德、大圍、石丁4個生產大隊，屬東里人民公社。
1980年屬東里鎮。
1984年1月設南畔洲管理區。
1986年11月設南畔洲村。
1990年9月設南畔洲管理區。
1998年9月設南畔洲村，沿用至今。