明清時期，水口村隸屬于石灣巡司署。
民國時期，隸屬于博羅縣第十二區禮義鄉。
1952年，水口和上村合并為上水大隊，隸屬于博羅縣第十區龍溪人民公社寧和小鄉。
1958年2月，隸屬于博羅龍華大鄉。
1958年10月，隸屬于長寧人民公社（羅浮山人民公社）。
1959年8月，隸屬于鐵場人民公社。
1978年5月，九潭片從鐵場人民公社分出，成立九潭人民公社，上水大隊隸屬之。
1983年11月后，九潭撤社改區，上水大隊改上水鄉，隸屬于九潭區。
1986年1月，九潭撤區設鄉，上水鄉解體，分別成立上村管理區、水口管理區。
1999年3月，成立九潭鎮水口村民委員會。
2003年12月，九潭撤鎮并入園洲鎮，稱園洲鎮水口村民委員會至今。