1950年昌馬公社成立后，村級為生產大隊，因上游村南面、北面、西面均被戈壁包圍，因此最初取名為戈壁大隊，1958年改名為上游大隊，1982年12月4日在第五屆全國人民代表大會第五次會議通過的《中華人民共和國憲法》有關條款中規定公社改建為鄉，生產大隊改建為村，同時，在村級建立了村民自治組織村委會，在村委會下設了村民小組，取代了之前的生產隊，2004年合村并組時又將原來的西湖村和原上游村合并而成了現在的上游村，同時成立了上游村村民委員會。