1949年文縣解放，1951年全縣調整為6區46鄉，屬碧口區中廟鄉轄。
1953年6月全縣調整為9區70鄉，仍屬碧口區中廟鄉轄。
1955年10月合并區、鄉機構后，今余家灣村仍屬中廟鄉轄。
1958年12月成立碧口公社，為碧口公社孔家山大隊。
1961年公社劃小，為中廟公社孔家山大隊。
1983年10月中廟公社改為中廟鄉，屬中廟鄉轄。
1984年4月孔家山大隊改為孔家山村，村下建合作社。
1986年設立孔家山村村民委員會，所屬合作社改稱村民小組。
2016年中廟鄉改為中廟鎮，屬中廟鎮轄。