新中國成立前，屬于部落頭領管轄，主要有亞拉格和賀郎格兩大部落統管。
1950年2月，明花鄉與祁連直屬鄉合并設立祁明區，下設五個鄉，屬現酒泉市肅州區管轄。
其中在明花鄉有明海鄉和蓮花鄉（含前灘）。
1954年肅南裕固族自治縣成立時，劃歸肅南縣，同年單獨設立明花區，轄明海、蓮花、前灘三個鄉。
1958年改稱紅星人民公社，轄前灘、明海、蓮花三個生產大隊。
1959年與祁豐合并設立祁明人民公社，1960年夏與祁豐分離設立雙海人民公社。
1961年雙海人民公社分設明海、蓮花（含前灘）兩個公社。
1962年機構調整后復設明花區公署，轄前灘、明海、蓮花三個人民公社，1967年更名為南泥灣區，1971年恢復原名稱，區公署仍然設在蓮花鄉黃土坡村境內。
2001年12月區公署搬遷到明海鄉許三灣村。
2004年12月撤區并鄉，撤銷明花區公署，將原明花區的明海鄉、蓮花鄉、前灘鄉合并為明花鄉。
2011年11月25日明花鄉人民政府搬遷至許三灣村。