西漢至十六國“五涼”時期，九墩鎮境域分屬武威郡休屠縣和姑臧縣，休屠縣治所即今四壩鎮、九墩鎮一帶。
北魏至隋初，屬武威郡林中縣和襄城縣。
唐宋年間，歸姑臧縣。
元時，屬永昌路西涼州。
明清時期，先后歸涼州衛和武威縣。
民國元年（1912年）后，屬武威縣雙城鄉。
1949年9月后，屬白塔、雙城區。
1952年7月，屬第六區（雙城）。
1956年1月，為九墩鄉。
1958年10月，屬下雙公社。
1962年，成立九墩公社。
1983年7月，設九墩鄉。
2018年3月，撤鄉，設九墩鎮。